Бруклинский Аквариум расположен на берегу Атлантического океана, на Surf Avenue. От океана аквариум отделён пляжем и деревянным променадом (англ. Board walk), идущим вдоль берега. Аквариум имеет несколько павильонов и бассейн, где проводятся цирковые сеансы c участием рыб.